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 O Conselho Cultural é o órgão colegial de consulta do Reitor e do Conselho Geral em questões de política cultural da Universidade.

Compete, genericamente, ao Conselho Cultural a emissão de pareceres sobre a política cultural da Universidade, assegurando a ligação com a comunidade, bem como a coordenação das atividades das unidades culturais.

​O Conselho Disciplinar é o órgão consultivo do reitor no exercício do poder disciplinar, cabendo-lhe a emissão de parecer para aplicação de penas graves. 
É formado pelo reitor ou um professor por ele designado, que preside, por dois professores ou investigadores, por dois estudantes e por dois representantes do pessoal não docente e não investigador. O órgão reúne sempre que convocado pelo presidente. Os membros não podem abster-se.​
O Conselho Geral é o órgão colegial máximo de governo e de decisão estratégica da Universidade, vinculando a sua ação à realização da missão da Universidade e à prossecução do interesse público. ​É composto por 12 representantes de p​​rofessores e investigadores; quatro representantes de estudantes; um representante do pessoal não docente e não investigador e seis personalidades externas de reconhecido mérito. O seu presidente é eleito por maioria absoluta, de entre os seus membros externos.
​O Conselho de Curadores é responsável pela administração da Fundação Universidade do Minho.
O Conselho de Curadores é composto por cinco personalidades de alto mérito e experiência profissional, nomeadas pelo Governo para um mandato de cinco anos, sob proposta do Conselho Geral.​
​​O Conselho de Gestão é o órgão colegial que conduz a gestão administrativa, patrimonial e financeira da Universidade, bem como a gestão dos seus recursos humanos. O órgão é designado e presidido pelo Reitor, sendo composto por cinco membros, incluindo um vice-reitor e o administrador. 
A convite do Reitor, podem participar nas reuniões, sem direito a voto, outros elementos da equipa reitoral, responsáveis de unidades alunos ou demais membros da comunidade académica, sempre que as matérias o justificarem.​

O Conselho de Ética é o órgão de consulta da Universidade de apoio à conceção e acompanhamento de políticas e ações de salvaguarda dos princípios éticos e deontológicos nas áreas da investigação científica, do ensino, da interação com a sociedade e do funcionamento geral da Universidade.

Compete ao Conselho de Ética pronunciar -se sobre questões éticas que lhe sejam colocadas pelo Conselho Geral e pelo Reitor, bem como propor códigos, diretrizes, recomendações, pareceres e ações de reflexão e debate, nas áreas da investigação científica, do ensino, da interação com a sociedade e do funcionamento geral da Universidade.

Compete ainda ao Conselho de Ética emitir pareceres sobre projetos de investigação envolvendo sujeitos humanos, animais ou material biológico de origem humana ou animal, assegurando, designadamente, o respeito pelo consentimento informado, a proteção da privacidade e dos dados pessoais, a aplicação dos códigos deontológicos profissionais e aplicação das declarações e diretrizes nacionais e internacionais sobre ética e bioética.

O Provedor Institucional tem como função promover os direitos do pessoal docente e investigador e não docente, recolhendo e tratando as reclamações apresentadas, arbitrando situações de conflito, produzindo recomendações internas e contribuindo para a qualidade do ambiente académico da Universidade.

O Provedor Institucional é uma personalidade de reconhecido mérito eleita no Conselho Geral.

O Reitor é o órgão uninominal que superiormente dirige e representa a Universidade. O cargo é exercido em regime de dedicação exclusiva. O mandato dura quatro anos, podendo ser renovado uma vez. ​ O Reitor é coadjuvado por vice-reitores, até um máximo de quatro, e por pró-reitores, até um máximo de cinco, escolhidos e nomeados por si. Podem ser candidatos a reitor professores ou investigadores doutorados da Universidade ou de outras instituições universitárias ou de investigação, nacionais ou estrangeiras.
 O Senado Académico é o órgão consultivo que assegura a coesão da Universidade na prossecução da sua missão, cumprindo funções de coordenação, prospetiva e planeamento em matérias pedagógicas e científicas que ultrapassem o âmbito das unidades orgânicas. 
 O Senado Académico funciona em plenário e em comissões especializadas, designadamente a comissão científica, a comissão pedagógica e a comissão de planeamento.
 O Plenário do Senado t​em a seguinte composição: reitor (que preside), presidentes das unidades orgânicas, responsáveis dos conselhos pedagógicos das unidades orgânicas; presidente do Conselho Cultural, presidente da AAUM, administrador da Universidade, administrador dos Serviços de Ação Social,​ um estudante por cada Conselho Pedagógico das unidades orgânicas,​ três representantes dos professores e investigadores doutorados, três representantes dos estudantes, e dois representantes do pessoal não docente e não investigador.

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